O ID.3 é o primeiro veículo da Volkswagen com produção neutra em emissões de CO2 ao longo de toda a linha de montagem. Por exemplo, para a produção das células para as baterias, é exclusivamente utilizada energia ecológica, à semelhança do que acontece também com a produção dos componentes e das carroçarias, a zona de pintura e as instalações de montagem na fábrica de Zwickau. Esta fábrica localizada na Saxónia, na Alemanha, foi completamente remodelada em 2017 neste sentido, passando a produzir exclusivamente veículos elétricos baseados na plataforma MEB. Tem uma capacidade de produção anual de 330.000 unidades.